Le cours inférieur de la Yarra se transforme à 14 kilomètres en aval du centre-ville, s'élargissant après les terminaux à conteneurs et les bassins d'évitage avant de rejoindre Port Phillip Bay à Williamstown.
Les colons européens y ont établi une station de douane en 1837, trois ans après l'arrivée de John Batman en amont, faisant de la péninsule le premier port d'entrée officiel de Melbourne. Des entrepôts en pierre bleue et des stations de signalisation datant de la ruée vers l'or des années 1850 bordent Nelson Place, tandis que le quai ferroviaire en bois — le plus ancien d'Australie, achevé en 1859 — s'étend toujours sur 580 mètres dans Hobsons Bay.
La croisière sur la Yarra River vers Williamstown fonctionne comme un ferry pour les navetteurs et les visiteurs, se faufilant dans le couloir portuaire actif qui traite 2,4 millions de conteneurs maritimes par an. L'itinéraire passe par Webb Dock, les terminaux de carburant de Coode Island et la portée de 2,6 kilomètres du Westgate Bridge, le septième plus long d'Australie lors de son achèvement en 1978. Des grues à conteneurs modernes et des cales sèches occupent des sites où les voiliers ancraient autrefois, la voie navigable ayant été approfondie à 15 mètres pour accueillir les navires post-Panamax.
Williamstown conserve ses infrastructures maritimes. Le HMAS Castlemaine, une corvette de classe Bathurst mise en service en 1942, sert de musée flottant à côté de la Commonwealth Reserve. L'ancienne morgue et la station de pilotage abritent désormais des cafés le long du Strand, où des pins de Norfolk plantés dans les années 1860 encadrent la rive nord de Port Phillip. Gem Pier, reconstruite en 1992, s'étend depuis les fondations de la jetée originale de 1838 et accueille à la fois des embarcations de plaisance et le ferry de Queenscliff.
L'itinéraire du ferry est l'un des passages touristiques les plus utilitaires de Melbourne, offrant une perspective sur la géographie industrielle de la Yarra inaccessible depuis la terre. Le printemps et l'automne offrent des conditions de baie plus claires ; les week-ends d'été voient les plaisanciers converger près de la digue. Le service fonctionne toute l'année, calé sur l'horaire du marché hebdomadaire de Williamstown et les heures d'ouverture du quartier naval. Les passagers au départ de Southbank parcourent toute l'histoire maritime de la ville en moins de quatre-vingt-dix minutes, la silhouette de la ville s'estompant à mesure que la rivière s'élargit en eau libre.
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