Il corso inferiore dello Yarra si trasforma 14 chilometri a valle rispetto alla griglia urbana, allargandosi oltre i terminal container e i bacini di evoluzione prima di incontrare Port Phillip Bay a Williamstown.
I coloni europei stabilirono qui una stazione doganale nel 1837, tre anni dopo lo sbarco di John Batman a monte, rendendo la penisola il primo porto d'ingresso formale di Melbourne. Magazzini in pietra azzurra e stazioni di segnalazione della corsa all'oro degli anni '50 dell'Ottocento fiancheggiano Nelson Place, mentre il molo ferroviario in legno — il più antico d'Australia, completato nel 1859 — si estende ancora per 580 metri nella Hobsons Bay.
La crociera sul fiume Yarra verso Williamstown opera come traghetto per pendolari e visitatori, attraversando il corridoio portuale attivo che gestisce 2,4 milioni di container all'anno. La rotta passa per Webb Dock, i terminal del carburante di Coode Island e la campata di 2,6 chilometri del Westgate Bridge, la settima più lunga in Australia quando fu completata nel 1978. Moderne gru per container e bacini di carenaggio occupano siti dove un tempo ancoravano i velieri clipper, con il corso d'acqua approfondito a 15 metri per accogliere le navi post-Panamax.
Williamstown conserva la sua infrastruttura marittima. La HMAS Castlemaine, una corvetta di classe Bathurst varata nel 1942, funge da museo galleggiante accanto alla Commonwealth Reserve. L'ex obitorio e la stazione pilota ospitano ora caffè lungo lo Strand, dove i pini di Norfolk piantati negli anni '60 dell'Ottocento incorniciano la costa settentrionale di Port Phillip. Gem Pier, ricostruito nel 1992, si estende dalle fondamenta originali del pontile del 1838 e ospita sia imbarcazioni da diporto che il traghetto per Queenscliff.
La rotta del traghetto è tra i passaggi turistici più utilitaristici di Melbourne, offrendo una prospettiva sulla geografia industriale dello Yarra non disponibile da terra. La primavera e l'autunno portano condizioni di baia più limpide; i fine settimana estivi vedono i velisti amatoriali convergere vicino al frangiflutti. Il servizio opera tutto l'anno, con orari sincronizzati con il programma del mercato del fine settimana di Williamstown e gli orari di apertura del distretto navale. I passeggeri in partenza da Southbank attraversano l'intera storia marittima della città in meno di novanta minuti, con lo skyline che si allontana mentre il fiume si allarga in mare aperto.
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